La mine spre exemplu din LAN > Switch Control > Enable HW Accelerator -> ON merge cu accelerare hardware pe PPPoE (stiu, e stupid ca teoretic e de LAN dar nu e ) daca il setez pe OFF imi scoate accelerarea hardware de pe PPPoE si imi scade viteza undeva la 118Mbps. Eu inteleg ce vrei sa zici doar ca mi se pare cam stupid sa nu mai mearga dupa restart pentru ca:
Reboot -> Install Firmware -> REBOOT -> Merge accelerarea hw -> REBOOT -> nu mai merge. Nu prea are logica sincer si daca ar fi asa, atunci cand ii dai restore to Factory Defaults are trebui sa iti mearga din nou.

Sa vad cand am timp sa testez cu un prieten care are un N66U si iti spun daca ii face la fel, daca merge cu merlin 29 Beta 1 fara probleme si dupa N restarturi atunci e posibil sa ai tu ceva in neregula cu routerul tau.